Mykotoksyny wywołują różnorodne skutki toksyczne dla zwierząt, dlatego ważne jest przyjęcie dobrych praktyk zarządzania i kontroli w celu zmniejszenia ich wpływu. Praktyki te obejmują prawidłowe pobieranie próbek, szybkie i niezawodne metody analizy oraz podejmowanie odpowiednich środków w oparciu o wyniki. Pobieranie próbek jest jedną z najważniejszych, ale niedocenianych części wykrywania. Mykotoksyny nie są jednorodnie rozmieszczone w surowcach. Dlatego jeśli reprezentatywne próbki nie zostaną pobrane z różnych części surowca, wyniki będą prawdopodobnie negatywne dla mykotoksyn, generując fałszywe wyniki i poczucie bezpieczeństwa.

Kolejnym ważnym punktem, o którym należy pamiętać, jest jednoczesna obecność różnych mykotoksyn w surowcach. Obecność wielu mykotoksyn może generować efekty addytywne lub synergistyczne, dzięki czemu negatywny wpływ na zdrowie i produkcję jest większy niż suma poszczególnych efektów. Ponadto przewlekłe narażenie na niskie stężenia mykotoksyn powoduje niespecyficzne objawy, które trudno jest prześledzić i sprawdzić w przypadku mykotoksyn. W związku z tym spożycie wielu mykotoksyn w niskich dawkach może spowodować poważniejsze negatywne skutki dla wydajności zwierząt i większe straty ekonomiczne niż ostra dawka toksyczna.

Zmodyfikowane mykotoksyny są pochodnymi mykotoksyn wytwarzanych przez grzyby lub tworzonych przez zakażone rośliny w ramach ich mechanizmu obronnego. Ponadto tworzenie tych pochodnych może również zachodzić w procesach produkcji pasz i metabolizmie mikrobiologicznym. Po spożyciu wraz z paszą zmodyfikowaną mykotoksynę można ponownie przekształcić w toksynę rodzicielską dzięki mikrobiocie i metabolizmowi zwierzęcia. Zmodyfikowane mykotoksyny często wykazują podobną toksyczność, ale mogą być również mniej lub bardziej toksyczne niż ich macierzyste toksyny. Zmodyfikowane mykotoksyny są problematyczne, ponieważ są ukryte przed wieloma analitycznymi metodami wykrywania, co prowadzi do niedoszacowania poziomu zanieczyszczenia paszy.