霉菌毒素对动物造成多种毒性作用，因此，应当采取良好的管控措施来降低其危害。这包括了正确采样，快速可靠的分析以及根据分析结果采取相应的措施。采样是检测过程中最关键，但被低估的一环。霉菌毒素在饲料原料中并非均匀分布，所以，如果代表性样品不是从料堆的不同位置中抽取，则可能会产生假阴性结果，错估毒素的潜在威胁。

饲料中多种霉菌毒素会产生协同效应，使其对动物健康和生产性能的影响要大于单个毒性的简单加和。另外，长期暴露于低浓度的霉菌毒素会产生非特异性症状，使其很难与霉菌毒素相关联。因此，与急性高剂量相比，摄入多种低剂量的霉菌毒素对动物生长造成的影响更严重，并造成更大的经济损失。

修饰的霉菌毒素是由真菌直接产生或被植物修饰后对植物本身无毒的霉菌毒素衍生物，这可能是植物和真菌的一种自我防御机制。另外，饲料加工和微生物代谢也可能形成这些霉菌毒素衍生物。当动物摄入这些经过霉菌毒素衍生物后，肠道微生物群和新陈代谢可能会将这些修饰过的毒素重新转化为本体毒素。修饰过的霉菌毒素通常表现出与本体毒素相似的毒性，但也可能比本体毒素的毒性更低或更高。由于许多快速检测方法无法检测出修饰后的霉菌毒素，经常造成饲料霉菌毒素污染水平的严重低估。