Endotoksyny są toksynami pochodzenia bakteryjnego. Najbardziej znane endotoksyny, lipopolisacharydy (LPS), są składnikami ściany komórkowej bakterii Gram-ujemnych. Cząsteczki LPS są uwalniane do środowiska, gdy bakterie namnażają się lub gdy ich błony komórkowe pękają w wyniku lizy bakteryjnej.

U zdrowych zwierząt jelito stanowi barierę dla przedostawania się endotoksyn do krwi i dlatego jest niezbędne, aby zapobiec translokacji endotoksyn. Jednak wiadomo, że kilka czynników zewnętrznych (np. stres cieplny, mykotoksyny, patogeny, zmiana paszy) zwiększa przepuszczalność jelit, wspomagając wyciek endotoksyn.